GNP与NI之间的差异主要来源于折旧、间接税和转移支付。折旧是企业在生产过程中消耗的资本，间接税是企业向政府支付的税，而转移支付是政府对个人的补贴，这些都会影响NI的计算。因此选项A、B和E正确。政府支出和公司利润属于GNP的组成部分，不是差异来源，因此选项C和D不正确。